Комисията за предотвратяване на корупцията и отнемане на незаконно придобито имущество (КПКОНПИ) е установила за него конфликт на интереси, защото на 18-ти май 2021 г. е подписал проект на Наредба за изменение и допълнение на Наредба №1 за утвърждаване на медицински стандарт „Клинична лаборатория“ в частен интерес на свързаното с него сдружение „Център за защита правата в здравеопазването“ (ЦЗПЗ). Д-р Стойчо Кацаров е служебен министър на здравеопазването в периода 12.05.2021 г. до 13.12.2021 г. До 10-ти юни 2021 г. той е бил председател на Управителния съвет на ЦЗПЗ. Един от основните проекти на центъра е Националната система за външна оценка на качеството на клиничните лаборатории (НСВОК). За извършването на дейността то подписва договори с лечебните заведения за външна оценка на качеството на клиничните лаборатории, като накрая им издава сертификат. Договорите са възмездни с уредени в тях възнаграждения, срок и начин на плащане, като са подписани от Стойчо Кацаров като председател на Управителния съвет. Поради тази причина КПКОНПИ е наложила глоба в размер на 5000 лева за осъществен конфликт на интереси и му е отнела в полза на държавата сумата от 309,30 лева, представляваща получено дневно възнаграждение за 18.05.2021 г. за деянието, породило конфликт на интереси. През февруари месец Административният съд в София е отменил решението на Антикорупционната комисия по жалба на ексздравния министър. Върховният административен съд обаче постанови, че решението на предишната инстанция е неправилно и потвърди първото – на КПКОНПИ. „В своята практика Върховният административен съд нееднократно е посочвал, че за съставомерността на деянието по ЗПКОНПИ е достатъчно да е налице формално нарушение на императивната законова разпоредба, водещо до възникване на съмнение в начина, по който се осъществяват съответните публични длъжности. Не е необходимо да бъде доказано резултатно деяние с реални негативни последици. Законът не допуска фактически ситуации, в които дадено лице, заемащо публична длъжност, би могло да повлияе в частен интерес, като по този начин компрометира публичната длъжност, реда и начина, по който се осъществяват функциите, възложени на съответното учреждение или ведомство. Целта е предотвратяването на съмнения, че лицата, заемащи висши публични длъжности, осъществяват правомощията си на база на лични и роднински отношения, а не на база законоустановените критерии“, са част от мотивите на върховните съдии. На противното мнение обаче е докладчикът по делото съдия Тодор Тодоров, който е подписал особено мнение. Той е посочил, че Сдружение „Център за защита правата в здравеопазването“ е координатор на система за външна оценка на качеството на клиничните лаборатории и първоинстанционният съд правилно е съобразил, че получаването на възнаграждения в това му качество е обусловено от сключване договори и не произтича директно от проекта на нормативния акт. Освен това в него не е предвидено никакво изменение или допълнение на текстове, свързани с външния контрол на качеството. „Процесният проект на Наредбата, подписан от Кацаров на 18.05.2021 г., не предпоставя произтичането на някакви благоприятни последици в неговата правна сфера или на Сдружение „Център за защита правата в здравеопазването“, чийто председател на УС е той. Качеството на "свързани лица", не е достатъчно основание за възникване на конфликт на интереси, с оглед на обстоятелството, че това качество е само един от елементите на фактическия състав за осъществяване на "конфликт на интереси. При тези данни законосъобразно първоинстанционният съд е приел, че не са налице всички кумулативно изискуеми елементи от фактическия състав по чл.52 от ЗПКОНПИ, а имено на частен интерес, който да повлияе на безпристрастното и обективно изпълнение на правомощията или на задълженията по служба", е категоричен съдия Тодоров.